| 1 | 文・教学科 | 文学全般と教育が中心。 | 図書館、博物館、歴史、教育、文学など |
| 2 | 創作学科 | 創作全般。 | アニメ、小説、CM、美術、展覧会など |
| 3 | 食・衛学科 | 食と衛生が中心。 | 飲食店、保健所、農場、飼育、コックなど |
| 4 | 武・保学科 | 体育と保健が中心。 | 自衛隊、保育、建築、風紀、飼育、など。 |
| 5 | ターゲット学科 | 自分と他人の影響が中心。 | スパイ、証拠隠滅、暗殺など。 |
| 6 | 占い学科 | 占いについての全般。 | 未来予測、天気予報、宗教など。 |
| 7 | 薬学科 | 薬についての全般。 | 新薬開発、薬品による影響実験など。 |
| 8 | 医学科 | 医療についての全般。 | けが人の治療、体の機能の究明など。 |
| 9 | 心理学科 | 精神についての全般。 | メンタルヘルスや神経細動系など。 |
| 10 | 情報学科 | 情報についての全般。 | PCウイルスやスパイ、情報売買など。 |
| 11 | 音学科 | 音楽についての全般。 | 精神反応、CD創作、電磁波、コンテストなど。 |
| 12 | 理・工学科 | 理学と工学が中心。 | 宇宙、生物、地質、データ抽出、建築図など。 |
| 13 | 経・法学科 | 経済と法律が中心。 | 販売、経営、銀行、刑の取り決め、政治など。 |
| 学園の真ん中に大きな教会がある。（大神教会） その教会を中心に1から順に時計周りで各学科の棟が立っている。 しかし6番目の占い学科の棟がないので、7番目の薬学科が時計でいう6のところにくる。 その結果13番目の経・法学科が時計で言う12の場所にくる。 占い学科は何処にあるのか？それは謎になっていて むしろ占い学科があるということを知らない生徒たちも多く 学園側も占い学科を除く12学科を大神学園としている。 そのため毎年毎年学科棟を迷う生徒が続出するのが常となっている。 学園側は校歌にも迷わないようにと明記しているが全く効力がない。 占い学科は何処？などを含んだ不思議事項が 「大神学園の13不思議」と呼ばれている。 |